Blog FOSS by Lê Trung Nghĩa

https://letrungnghia.mangvn.org

Các thành viên cộng đồng OpenCon ủng hộ đáp trả nhanh COVID thông qua các bản thảo nghiên cứu sớm

OpenCon Community Members Support Rapid COVID Response Through Preprints

Friday, June 12, 2020 News

Theo: https://sparcopen.org/news/2020/opencon-community-members-support-rapid-covid-response-through-preprints/

Bài được đưa lên Internet ngày: 12/06/2020

Xem thêm: Khoa học Mở - Open Science

Khi các nhà cung cấp y tế và các nhà nghiên cứu ngày càng quay sang các bản thảo trước in (priprints) trong cơn bùng phát COVID-19, thì 2 nhà biện hộ sự nghiệp sớm đang làm công việc của họ để thúc đẩy thực hành này và cải thiện quy trình đó.

Monica Granados là đồng sáng lập của PREreview (Đăng, Đọc, và Tham gia với rà soát lại các bản thảo trước in), một tổ chức chuyên về xây dựng các công cụ để tạo thuận lợi cho các câu lạc bộ tạp chí trước in. Trong các nhóm đó, mọi người có thể chia sẻ phản hồi của họ về các bản thảo khoa học sẵn sàng tự do còn chưa trải qua rà soát lại ngang hàng của ban biên tập.

PREreview sử dụng các bản thảo trước in như là phương tiện để giúp cho các nhà nghiên cứu - đặc biệt, những người mới bắt đầu sự nghiệp của họ - học cách để rà soát lại ngang hàng ở giai đoạn nơi mà các tác giả vẫn còn có khả năng tích hợp các bình luận đó. Kể từ khi nó được thành lập vào cuối năm 2017, tổ chức này đã mở rộng từ việc cung cấp các tài nguyên để phục vụ như là một nền tảng cho các câu lạc bộ tạp chí trước in ảo. PREreview cũng huấn luyện các nhà khoa học trẻ về cách quy trình đó làm việc với chương trình hướng dẫn.

“Chúng tôi có bộ các tài nguyên khác nhau để tạo thuận lợi cho các nhà nghiên cứu rà soát lại ngang hàng hiệu quả bằng việc sử dụng nguồn mở và khoa học mở”, Granados nói. Cô là nhà phân tích chính sách toàn thời gian cho chính phủ Canada làm chính sách khoa học mở và vận hành PREreview với các đồng sáng lập viên Daniela Saderi và Samantha Hindle. Chúng tôi đã bắt đầu như là 3 người phụ nữ mới ra trường nghĩ rằng đây là dự án phụ cho thứ gì đó, và nó đã trở nên có ảnh hưởng khá lớn”.

Tổ chức này đặc biệt sẵn sàng giải quyết vài vấn đề trong môi trường học thuật với sự khởi đầu của đại dịch. Không có cuộc gặp trực tiếp của các nhà khoa học trong các phòng thí nghiệm của họ, PREreview đã tổ chức các câu lạc bộ phòng thí nghiệm tạp chí ảo về COVID-19 với Tạp chí Nghiên cứu Y tế trên Internet và với PLOS Pathogens, đã mang mọi người lại cùng nhau từ khắp nơi với sự tinh thông về lâm sàng hoặc dịch tễ học để rà soát lại các bản thảo trước in đúng lúc.

Vào tháng 1, PREreview đã khởi xướng một nền tảng mới rà soát lại nhanh cung cấp rà soát lại có cấu trúc với nhiều câu hỏi lựa chọn đánh giá độ cường tráng của các bản thảo cùng với trả lời tự do cho một ít câu hỏi.

Ý tưởng là hạ thấp đi rào cản để cho phép mọi người với sự tinh thông rà soát lại càng nhiều bản thảo trước in có thể càng tốt”, Granados nói. “Đây là sự khớp nối tuyệt vời mà công cụ này từng sẵn sàng, đặc biệt được thiết kế cho sự bùng phát và các bản thảo trước in có liên quan tới y tế. Chúng tôi đã không nhận thấy nó có thể hữu dụng tới thế nào. Chúng tôi thực sự đã bận rộn vì chúng tôi có các tài nguyên và các nền tảng đó để giải quyết các vấn đề chính trong bức tranh truyền thông hàn lâm đã nảy sinh vì COVID-19”.

PREreview là giải pháp cho vấn đề làm thế nào để làm việc với sự kiểm soát chất lượng với lượng các bản thảo trước in đang được sản xuất, Granados nói. “Đây không chỉ là về COVID-19. Các thực hành đó nên tiếp tục sau khi chúng ta đã giảm nhẹ được đại dịch này”, Granados nói, người đã tham dự OpenCon 2018 và ghi nhận kinh nghiệm với việc truyền cảm hứng niềm say mê của cô đối với công việc này. “Là một phần của cộng đồng mở và làm khoa học mở là nhiều hơn một công việc đối với tôi. Đó là một phần mục đích của tôi. Tôi muốn để thế giới này mở hơn một chút so với khi tôi tới”.

Đối với Jessica Polka, người tham dự OpenCon vào năm 2016 và 2017 đã giúp thông báo công việc của cô với ASAPBio, nơi cô là giám đốc điều hành. Cô cam kết giúp truyền thông khoa học hiệu quả hơn và đã đăng bản thảo trước in đầu tiên của cô vào năm 2014. “Nó quan trọng với tôi như là một trong những cách thức cụ thể nhất các nhà nghiên cứu có thể tác động tới những thay đổi trong văn hóa xuất bản”, Polka nói.

COVID-19 đang đưa về nhà nhu cầu đối với các thực hành mở, đặt sự chú ý ngày một gia tăng vào nghiên cứu khoa học và các bản thảo trước in. Khoảng 38% tư liệu về COVID-19 đang được đăng mỗi tuần là ở dạng bản thảo trước in thay vì một bài báo trên tạp chí, Polka nói. Chỉ khoảng 2% toàn bộ nghiên cứu về sinh học đã được đăng như là bản thảo trước in vào năm ngoái, so với 7% năm nay.

“Có nhu cầu cấp bách về trao đổi nhanh các thông tin đã làm gia tăng sử dụng các bản thảo trước in trong vài tháng qua”, Polka nói. “Là thú vị và nó chỉ cho nhiều người cách thức truyền đạt mà họ có thể đã không sử dụng trước đó”.

Tuy nhiên, sự mở ra rộng rãi đi cùng với các thách thức. Báo cáo về sử dụng các bản thảo trước in trên các phương tiện truyền thông không luôn nắm bắt được sắc thái của quá trình và các bản thảo trước in có khả năng lan truyền thông tin sai lệch. Polka nó là quan trọng để cân nhắc cách thức các máy chủ đang tiến hành các chính sách rà quét của chúng.

Để giải quyết vấn đề đó, ASAPBio đã tạo ra thư mục trong năm 2018 về các chính sách của 44 máy chủ bản thảo trước in để giúp mọi người hiểu cách các máy chủ đó vận hành. Polka cũng đã giúp ASAPBio phát triển trang tài nguyên mới vào đầu tháng 5 mà theo dõi các xu thế và chính sách của các bản thảo trước in có liên quan tới khoa học mở. Nó sẽ được cập nhật với các câu trả lời cho các câu hỏi thường được hỏi về các bản thảo trước in và cung cấp các đường liên kết tới các tài nguyên khác về những tạp chí nào đang làm để đáp trả đại dịch.

Polka nói việc tham dự OpenCon đã trao cho cô các kỹ năng cô cần để suy nghĩ sâu hơn về sự thay đổi văn hóa trong xuất bản và các kết nối cô đã tận dụng được. “Nó đã cung cấp mô hình cho cộng đồng những người làm việc cùng nhau”, cô nói. “Môi trường của OpenCon về cơ bản là để xúc tác cho tôi và các đồng nghiệp của tôi xử lý trong công việc của chúng tôi”.

As healthcare providers and researchers increasingly turn to preprints during the COVID-19 outbreak, two early career advocates are doing their part to promote this practice and improve the process.

Monica Granados is a co-founder of PREreview (Post, Read, and Engage with preprint review), an organization devoted to building tools to facilitate preprint journal clubs. In these groups, people can share their feedback on freely available scientific manuscripts that have not yet undergone editorial peer review. 

PREreview uses preprints as a medium to help researchers—particularly, those early in their careers—learn how to do peer review at a stage where the authors are still able to integrate those comments. Since it was established in late 2017, the organization expanded from providing resources to serve as a platform for live, virtual preprint journal clubs. PREreview also trains young scientists on how the process works with a mentorship program.

We have a suite of different resources to facilitate researchers doing effective peer review using open source and open science,” says Granados. She is a full-time policy analyst for the government of Canada doing open science policy and operates PREreview with co-founders Daniela Saderi and Samantha Hindle. We started as three women just out of grad school thinking that this was a side project to something, and it has become pretty influential.”

The organization was particularly poised to address some of the problems in the scholarly environment with the onset of the pandemic. Without scientists meeting in their labs in person, PREreview has hosted virtual journal lab clubs on COVID-19,one with the Journal of Medical Internet Research and another with PLOS Pathogens, that brought together people from around with clinical or epidemiology expertise to review timely preprints.  

In January, PREreview launched a new rapid review platform that provides a structured review with multiple choice questions assessing the robustness of the manuscript along with a few free response questions. 

The idea is to lower that barrier to allow people with expertise to review as many manuscripts as possible,” says Granados. “It was a great coincidence that this tool was available, specifically designed for outbreak and health-related manuscripts. We didn’t realize just how useful it would be. We have been really busy because we have these resources and platforms that address major problems in the scholarly communication landscape that have arisen because of COVID-19.”

PREreview is a solution for the problem of how to deal with quality control with the volume of preprints being produced, Granados says. “This isn’t just about COVID-19. These practices should continue after we’ve mitigated this pandemic,” says Granados, who attended OpenCon in 2018 and credits the experience with inspiring her passion for this work. “Being part of the open community and doing open science is more than a job for me. It’s a bit of my purpose. I want to leave the world a little more open than when I came.”

For Jessica Polka, attending OpenCon in 2016 and 2017 helped inform her work with ASAPBio, where she is executive director. She is committed to helping science communication be more efficient and posted her first preprint in 2014. “It just struck me as one of the most concrete ways the researchers can affect changes in the culture of publishing,” says Polka.

COVID-19 is driving home the need for open practices, putting increased attention on scientific research and preprints. About 38 percent of literature on COVID-19 being posted every week is in the form of a preprint rather than a journal article, notes Polka. Only about 2 percent of the overall biomedical research was posted as a preprint last year, compared to 7 percent this year.

There is an urgent need for rapid exchange of information that has increased the use of preprints in the last few months,” says Polka. “It’s exciting and is demonstrating to many people a way of communicating that they may not have used before.”

With the broad exposure, however, comes challenges. Reporting about the use of preprints in the media doesn’t always capture the nuance of the process and preprints have the capability of spread misinformation. Polka says it’s important to consider how servers are conducting their screening policies. 

To address that issue, ASAPBio created a directory in 2018 of 44 preprint server policies to help people understand how servers operate. Polka also helped ASAPBio develop a new resource page in early May that tracks preprint trends and policies related to open science. It will be updated with answers to frequently asked questions about preprints and provide links to other resources about what journals are doing in response to the pandemic.

Polka says attending OpenCon gave her the skills she needed to think more deeply about culture change in publishing and connections she’s leveraged. “It provided a model for a community of people working together,” she says. “The environment of OpenCon has been essential in enabling me and my colleagues to proceed in our work.”

Dịch: Lê Trung Nghĩa

letrungnghia.foss@gmail.com